Theo tiến sĩ Phan Thế Đồng, giảng viên Khoa Khoa học và Công nghệ, Đại học Hoa Sen, TP HCM, cà chua đen đang tạo nên cơn sốt trên thị trường hiện nay có 2 loại phổ biến. Loại thứ nhất khi cắt đôi quả, nước dính trên dao không có màu đỏ, thậm chí lấy ngón tay dí vào mặt cắt cũng không có màu đỏ dính vào. Đây là loại cà chua được lai tạo để giữ lại màu xanh, sau khi quả chín màu xanh này pha trộn với màu đỏ vốn có của cà chua làm cho trái trở nên đen. Như vậy ở đây chỉ có màu sắc thay đổi còn các thành phần licopen (một hợp chất trong nhóm carotenoid giàu vitamin A) và lượng chất chống oxy hóa không khác gì cà chua đỏ thông thường.

Loại cà chua đen thứ hai, khi cắt đôi quả thấy nước dính trên dao có màu tím thẫm. Nếu lấy ngón tay dí vào mặt cắt sẽ thấy màu tím dính vào ngón tay. Đây là loại được lai tạo để có thêm chất màu tím anthocyanin (tương tự như hợp chất có trong quả dâu tằm). Như vậy ngoài thành phần licopen, cà chua này có thêm một hợp chất chống oxy hóa là anthocyanin.

Cà chua đen có các thành phần chống oxy hóa tương tự như một số loại rau quả màu tím.

Cà chua đen có thêm anthocyanin thì được tăng cường thêm một chút khả năng chống oxy hóa. Dù vậy theo phân tích của các nhà nghiên cứu trên thế giới, hàm lượng anthocyanin trong cà chua đen thấp hơn nhiều so với quả dâu tằm hoặc việt quất (blueberry). Quả dâu tằm và việt quất chứa 1-3 mg trên một g quả tươi trong khi cà chua đen chỉ chứa 0,1-0,3 mg. Hơn nữa hàm lượng anthocyanin phụ thuộc rất nhiều vào chế độ canh tác và điều kiện đất trồng.

Anthocyanion cũng như những chất chống oxy hóa khác được xem là có tác dụng giải trừ các gốc tự do trong cơ thể, giúp hạn chế bệnh về tim mạch, ngăn ngừa quá trình lão hóa các tế bào và sự hình thành các khối u. Một số nghiên cứu cho thấy nó có khả năng phòng ngừa bệnh đái tháo đường.

Anthocyanion là hợp chất tan trong nước nên khi ăn nhiều vào cơ thể, phần dư thừa sẽ được loại thải qua nước tiểu chứ không có nghĩa là "ăn càng nhiều càng tốt". Đến nay chưa thấy có công bố khoa học nào nói đến tác hại của anthocyanin. Ngược lại chất caroten không tan trong nước nên khi ăn nhiều phần dư thừa sẽ tích lũy lại trong cơ thể, nhất là ở mô mỡ dẫn đến hiện tượng vàng da.

Tiến sĩ Đồng nhấn mạnh, cà chua đen được lai tạo và chọn lọc gene theo phương pháp truyền thống, không phải là thực vật ghép hoặc biến đổi gene. Việc lai tạo này chỉ giúp tăng thêm một lượng nhỏ chất anthocyanin, làm cho màu quả trở nên "bí hiểm" nhằm thu hút sự chú ý, để người tiêu dùng tin rằng tác dụng của nó tăng lên gấp bội lần nên sẵn sàng bỏ tiền ra mua. Thực tế các hợp chất "tạo màu" anthocyanin này có rất nhiều các rau quả thông thường như dâu tằm, thanh long ruột đỏ, bắp cải tím hay bất cứ loại rau quả nào khi cắt có màu đỏ dính vào dao. 

Cũng cùng quan điểm trên, ông Nguyễn Văn Hoàng, một nhà nghiên cứu về lĩnh vực kỹ thuật nông nghiệp cho rằng trên thị trường hiện nay có rất nhiều loại cà chua, nhìn chung giá trị dinh dưỡng tương đương nhau, chỉ có hương vị khác do nguồn gốc giống và chế độ canh tác." Cơn sốt cà chua đen" xuất hiện do một số nhà kinh doanh lợi dụng thời điểm người tiêu dùng chưa được cung cấp những thông tin đầy đủ về loại quả lạ mắt này nên đã thổi phồng sản phẩm. Thực tế, ngoài yếu tố giống thì hàm lượng các chất dinh dưỡng và chất chống oxy hóa trong nông sản phụ thuộc rất nhiều vào chế độ canh tác như phân bón, tưới tiêu, chế độ chiếu sáng và điều kiện nông hóa, thổ nhưỡng... 

Ông Hoàng nói: "Thực phẩm không chỉ cung cấp các chất chống oxy hóa mà chủ yếu là các chất dinh dưỡng thiết yếu như đường bột, đạm, béo, vitamin và chất khoáng. Vì vậy sự đa dạng thực phẩm trong bữa ăn hàng ngày là điều rất cần thiết và quan trọng, tránh tình trạng mất cân đối".

Để không bị ngộ độc khi ăn cà chua đen, các chuyên gia khuyên mọi người chỉ nên ăn quả chín hoàn toàn vì cà chua xanh hoặc chưa chín hẳn có chứa 2 loại độc tố solanine và tomatine. Các độc chất này có trong lá, thân và quả cà chua xanh. Khi quả chín, các độc tố giảm đi chỉ còn lại một lượng rất nhỏ nên không gây nguy hại gì. Triệu chứng khi ngộ độc cà chua xanh là nôn ói, đau bụng, tăng nhịp tim, khó thở, thậm chí tử vong. 

Thuốc bảo vệ thực vật (thuốc trừ sâu) cũng có thể được sử dụng trong quá trình canh tác cà chua. Nhằm làm giảm bớt dư lượng thuốc trừ sâu đồng thời để quả chín hoàn toàn sẽ ngon hơn, các chuyên gia khuyên không nên ăn ngay sau khi mua về. Thông thường cà chua được thu hoạch khi chưa chín hoàn toàn để dễ dàng vận chuyển và bảo quản được lâu. Vì vậy khi mua về nên để cà chua từ một đến 2 ngày sau cho chín hoàn toàn và thuốc trừ sâu phân giải bớt. Trước khi ăn nên rửa thật kỹ.